В этой модели используется новая система Manuale By-Wire, которая сочетает в себе работу механической коробки передач с технологией двойного сцепления. Это решение аналогично механической коробке передач Koenigsegg CC850 .Хотя новая версия основана на той же 8-ступенчатой роботизированной коробке передач с двойным сцеплением (DCT), что и 12Cilindri, Ferrari разработала новую систему, которая позволяет водителю вручную переключать первые шесть передач, а также задний ход, с помощью рычага и педали сцепления. Это означает, что 7-я и 8-я передачи недоступны в ручном режиме. При этом автомобиль сохраняет и полностью автоматический режим.
Переключение передач в ручном режиме активируется программой «Ручной режим», при этом водитель вносит изменения, нажимая на электронную педаль сцепления и перемещая рычаг селектора. Датчик измеряет ход педали и преобразует движения водителя в гидравлическое управление сцеплением автоматической коробки передач с двойным сцеплением. Система использует два датчика для контроля движения рычага, а электрический привод предотвращает включение передачи, если не соблюдены необходимые условия работы. В Ferrari заявляют, что система даже позволяет выключать двигатель, полностью имитируя работу обычной механической коробки передач.
Впервые за многие годы Ferrari убирает подрулевые лепестки переключения передач, делая акцент на использовании рычага и сцепления как основных точек взаимодействия водителя и автомобиля.
Под капотом остался 6,5-литровый атмосферный двигатель V12, без каких-либо механических изменений по сравнению с базовой версией. Двигатель развивает 830 лошадиных сил и 678 Нм крутящего момента, при этом максимальная частота вращения составляет 9500 об/мин. Разгон от 0 до 100 км/ч занимает 2,9 секунды, а максимальная скорость превышает 340 км/ч.
Компания Ferrari объявила о выпуске всего 1499 экземпляров модели 12Cilindri Manuale.
